Die bestandsbedrohende Befischung mit zerstörerischem Gerät wie Grundschleppnetzen, unkontrollierte Forschung und die Öl- und Gasgewinnung vernichten komplexe Ökosysteme, deren Gesundheit für den Erhalt ertragreicher Fischbestände sorgt.

Der Schutz der Tiefsee ist somit schon ökonomisch ohne Alternative. Der WWF Fachbereich Meeresschutz setzt sich für die Einrichtung eines Netzwerks mariner Schutzgebiete insbesondere im Nord-Ost Atlantik, der Nord- und Ostsee, eine umweltverträgliche Neuausrichtung der gemeinsamen Fischereipolitik der Europäischen Union und ein Verbot der Grundschleppnetzfischerei in empfindlichen Habitaten  ein. Als kritischer Beobachter in den wichtigsten Entscheidungs-Gremien nimmt der WWF Einfluss auf die zukünftige Entwicklung der Meeres- und Fischereipolitik. Um neue Entwicklungen anzustoßen wie die Ausweisung der weltweit ersten Schutzgebiete auf der Hohen See, d.h. in internationalen Gewässern, ergreift der WWF häufig die Initiative, die dann von politischen entscheidungsträgern und internationalen Abkommen übernommen wird.

Das, was dem WWF und vielen Partnern mit den küstennahen Schutzgebieten und Nationalparks gelungen ist – einzigartige Natur zu schützen und nicht einzugreifen – das fehlt im Meeresbereich vor unseren Küsten oder vor Westafrika noch fast gänzlich: der Schutz von marinen Nahrungs- und Rastflächen für Hunderttausende von Seevögeln, von eindrucksvollen Seegraswiesen, Tangwäldern oder Korallenriffen mit ihren faszinierenden, oft unbekannten Tier- und Pflanzenarten.

Unser Ziel ist ein weltumspannendes Netz von Meeresschutzgebieten, wodurch Wale, Robben, Schildkröten, Fische, aber auch die an wirbellosen Tieren reichen Bodenlebensgemeinschften, z.B. in Korallengärten überleben können. Zur Zeit stehen 1,5% der Meeresflächen der Weltozeane unter Schutz, im Gegensatz zu 15% an Land Die Vertragsstaaten des weltweiten Abkommens zur Biologischen Vielfalt (CBD) verpflichteten sich im Oktober 2010, bis zum Jahr 2020 mindestens 10% der Ozeane als Meeresschutzgebiete auszuweisen.