Die Naturschutzmaßnahmen beziehen sich auf die Bereiche Ackerland, Grünland – also Wiesen und Weiden – und Landschaftselemente, wie Hecken oder Tümpel. Sie zielen auf verschiedene Arten und deren unterschiedlichen Ansprüche an ihre Lebensräume ab. So ermöglichen zum Beispiel Maßnahmen zur Auflockerung der Getreidebestände eine gute Entwicklung von Ackerwildkräutern, wie der Kornblume oder dem Sand-Mohn. Sie bieten außerdem Nist- und Nahrungsraum für Feldvögel oder Feldhasen. Auch das Stehenlassen von ungemähten Streifen oder Säumen an den Feldrändern steigert die Vielfalt der Arten. Sie ziehen nektarsuchende Insekten an und bieten Schutz für bodenbrütende Vögel. Die Vorgabe, Teile des Grünlandes für acht Wochen während der Brutzeit im Frühjahr nicht zu nutzen oder zu bearbeiten, hilft Feldvögeln wie Feldlerche oder Wiesenpieper. Innerhalb dieser Zeit können sie ihre Brut sicher aufziehen. Spätblühende Kräuter können zur Samenreife gelangen, wenn nach der Getreideernte nicht sofort der Boden bearbeitet wird. Sind rings um Tümpel im Sommer ungenutzte Bereiche vorhanden, finden Amphibien wie die stark gefährdete Rotbauchunke an Land ihre notwendigen Rückzugsräume.
Das Naturschutzmodul berücksichtigt bei der Punktevergabe auch, ob wichtige Biotope wie zum Beispiel artenreiche Nasswiesen existieren und wie es um das Vorkommen ausgewählter Arten wie zum Beispiel hochgradig gefährdeter Ackerwildkräuter steht.
Während das Programm zunächst auf Betriebe mit Ackerland und Viehhaltung ausgerichtet war, wurde im Laufe der Jahre auch auf Obst- und Gemüsebaubetriebe ausgeweitet. So entstand im Jahr 2020 die Initiative von Landwirtschaft für Artenvielfalt für den ökologischen Obstanbau mit Fokus auf Tafeläpfel. Gestartet wurde sie gemeinsam mit der Fördergemeinschaft Ökologischer Obstbau e.V., den Anbauverbänden Bioland, Demeter und Naturland, Lieferanten, Beratungsorganisationen und teilnehmenden Erzeuger:innen.
Inzwischen nehmen über 70 Bio-Obstbetriebe aus vier verschiedenen Anbauregionen teil - vom Alten Land im Norden und Baderitz in Sachsen bis hin zu Franken und am Bodensee in Süddeutschland. Sie säen beispielsweise Blühstreifen, schaffen Nisthilfen oder mähen nur jede zweite Fahrgasse ihrer Apfelplantagen, damit Insekten, Vögeln und Kleintieren noch ausreichende Rückzugsgebiete und Nahrungsangebote bleiben. Basis dafür ist ein Obstanbau-Artenschutzmaßnahmenkatalog des Bioanbauverbands Bioland.
Seit 2023 nehmen erstmals auf Gemüse spezialisierte Betriebe am LfA-Programm teil, deren unterschiedlichste Gemüsesorten, wie etwa Brokkoli, Eisberg-Salat, Mini-Romana Salat, Tomaten, Zucchini und Zuckermais bei EDEKA und Netto Marken-Discount als Programmware vermarktet werden.