Vor allem in den Gewässern von Entwicklungsländern und insbesondere afrikanischen Staaten südlich der Sahara grassiert die illegale Fischerei. Hier fehlt es an Mitteln und Ausbildung, um die Fischerei vor der eigenen Küste in ausreichendem Maß zu kontrollieren.
IUU-Fischerei kann außerdem bedeuten, dass unerlaubt Fanggeräte eingesetzt werden oder in Gebieten gefischt wird, in der die Fischerei gesetzlich verboten ist. Daraus können hohe Beifangraten resultieren und empfindliche Ökosysteme werden so zerstört. Den Preis für die IUU-Fischerei zahlen die Fischer, die sich an die Gesetze halten. Am Ende konkurrieren sie mit den unfairen Praktiken der IUU-Fischer und mit dem illegal vermarkteten Fisch.