Die Fischerei mit Bodenschleppnetzen ist besonders verheerend, wenn sie über empfindlichen Ökosystemen stattfindet. Dies sind Ökosysteme, die z.B. aufgrund langer Regenerationszeiten der dort vorkommenden Organismen durch eine Störung besonders bedroht sind. Dies ist beispielsweise in der Tiefsee der Fall. Hier richtet die Grundschleppnetzfischerei große Schäden an, denn die dort vorkommenden Arten wachsen besonders langsam und sind so von Überfischung oder Zerstörung besonders getroffen.
In einzelnen Meeresgebieten sind auf diese Weise bereits bis zu 50 Prozent der Riffsubstanz verloren gegangen. Da heute bis in 2.000 Meter Tiefe Fischfang betrieben wird, sind auch andere strukturreiche Lebensräume bedroht, wie die Lebensgemeinschaften der Seeberge, Tiefseeschwämme und so genannte Korallengärten.