Den Arten und Lebensräumen im Meer geht es trotz der Einrichtung dieser Schutzgebiete bisher nicht besser. Vielmehr ist von der Bundesregierung sowohl für Nord- als auch Ostsee in einer Anfangsbewertung festgestellt worden, dass in den deutschen Meeresgebieten der so genannte „gute Umweltzustand“ nicht erreicht wird. Auch um den so genannten „günstigen Erhaltungszustand“ von nach EU-Vogelschutzrichtlinie und EU-Flora-Fauna-Habitat-Richtlinie geschützten Arten und Lebensräumen ist es schlecht bestellt:
- Einst charakteristische Meeresentenarten in der Ostsee (Eiderente, Eisente) sind in ihrem Bestand seit 1995 um über 60 Prozent zurückgegangen.
- Der östliche Ostseeschweinswal ist seit Jahren auf dem Tiefststand, Wissenschaftler gehen nur noch von ca. 300 bis 400 Tieren aus. Insbesondere durch den Einsatz von Stellnetzen ist der Bestand westlich Rügens akut bedroht.
- Wertvolle Unterwasserlebensräume wie Riffe und Sandbänke und ihre Lebensgemeinschaften werden, vor allem in der Nordsee, bis zu viermal jährlich von Bodenschleppnetzen durchpflügt.
- Sand- und Kiesabbau ist in den Schutzgebieten stellenweise zugelassen, sogar Aufsuchungsgenehmigungen für Öl und Gas werden weiterhin erteilt.
- Die Fischerei unterliegt fast keinen Naturschutzregelungen und hat weiterhin starke Auswirkungen auf den Meeresboden, die dort lebenden Arten sowie auf Schweinswale und Seevögel.