Intensive Gespräche zwischen Wassersport- und Angelvereinen der Region, dem WWF sowie den zuständigen Behörden führten 2004 zur Unterzeichnung der „Freiwillige Vereinbarung Naturschutz, Wassersport und Angeln im Greifswalder Bodden und Strelasund“. Im Managementplan für das Natura 2000 Gebiet wird die freiwillige Vereinbarung als Schutzmaßnahme für verschiedene Lebensräume aufgeführt.
Die Grundlage der Vereinbarung ist eine Seekarte des Greifswalder Boddens und Strelasunds in der eine Befahrensregelung farblich dargestellt wird - die teils freiwillig, teils verpflichtend ist. Die roten Flächen stehen für ein ganzjähriges nichtbefahren und in den orangen Flächen gibt es Beschränkungen, die in den dazugehörigen Hinweiskästen erklärt werden.
Die Einhaltung der freiwilligen Vereinbarung wird über ein Bootmonitoring untersucht und die Ergebnisse alljährlich im Jahresbericht zur Schutzgebietsbetreuung veröffentlicht.
