In Deutschland liegt ein Schwerpunkt seines Vorkommens an den bayerischen Alpenflüssen wie Ammer, Isar, Lech und Inn. Aber auch an Oder, Mittlerer Elbe oder Neiße gibt es noch Bestände. Hier finden die Flussuferläufer und viele andere Arten die letzten naturnahen Abschnitte.
Wo der Flussuferläufer vorkommt, stimmt das Ökosystem, dort ist die die Flusslandschaft intakt. Doch viele unserer Flüsse sind heute verbaut, begradigt und durch Querbauwerke unterbrochen. Die natürliche Dynamik fehlt – und mit ihr die Kiesbänke, auf die der Vogel angewiesen ist. Doch wo Bäche und Flüsse wieder frei fließen dürfen, kehrt er zurück.