Die Verbreitungsländer der Östlichen Gorillas werden seit Anfang der 1990er Jahre immer wieder von politischen Unruhen und Kriegen geplagt, von denen auch die Gorillas betroffen sind. Zudem gehört das Verbreitungsgebiet der Östlichen Gorillas zu den Regionen mit der größten Bevölkerungsdichte in Zentralafrika. Der Östliche Teil der Demokratischen Republik war schon Anfang der 1990er Jahre dicht besiedelt. Im Jahr 1994 flüchteten rund eine Million Menschen vor dem Völkermord in Ruanda in die benachbarte Demokratische Republik Kongo und suchten in der Nähe der Schutzgebiete Virunga-Nationalpark und Kahuzi-Biega-Nationalpark Zuflucht. Des Weiteren ist das Verbreitungsgebiet der östlichen Gorillas reich an Bodenschätzen, darunter Diamanten, Kupfer, Kobalt, Gold und Koltan. Die Einnahmen durch den Abbau dieser mineralischen Rohstoffe werden von den verschiedenen Militäreinheiten und Rebellengruppen immer wieder in Waffen und Kriegsführung investiert. Allein im Zeitraum zwischen 1998 und 2000 siedelten sich Arbeiter zum Abbau von Koltan Nahe des Kahuzi-Biega-Nationalparks und des Okapi-Wildtierreservat an, die zusammen mit ihren Familien und begleitet von professionellen Wilderern zu Tausenden zuwanderten. All diese Menschen erhöhten den Landhunger und den Bedarf an Nahrung weiter.
In der Rangliste des "Index der menschlichen Entwicklung", einem Wohlstandsindikator der Vereinten Nationen, lag die Demokratische Republik Kongo im Jahr 2016 auf Platz 176 von 188, Ruanda auf Platz 159 und Uganda auf Platz 163. Für die Östlichen Gorillas hatten die gewaltsamen Konflikte mehrere negative Konsequenzen. Ihr Lebensraum war Versteck und Rückzug für Rebellen. Das Habitat geriet durch Feuerholzsammlung, Entnahme von Baumaterialien sowie Bergbau und Landnutzungswandel unter Druck. All dies bedeutete Lebensraumverlust (siehe unten) und anhaltende Störungen für die Gorillas. Die Vielzahl an Menschen und der Verlust der staatlichen Kontrolle verstärkten die Buschfleischproblematik (siehe unten). Letztlich war auch die Arbeit für Naturschutzorganisationen und –ministerien sowie für die Forschung erschwert oder zwischenzeitlich gar unmöglich.
Insgesamt sind heutzutage Wilderei, Lebensraumverlust, Krankheiten und die Folgen des Klimawandels die größten Bedrohungen für die Östlichen Gorillas. Durch die niedrige Reproduktionsrate, die lange Phase der Abhängigkeit der Jungtiere von ihren Müttern und die späte Geschlechtsreife können Gorillas Bestandsverluste nur schwer ausgleichen.
Die Wilderei stellt für die Östlichen Flachlandgorillas in den letzten Jahren die größte Bedrohung dar. In den 1990er und frühen 2000er Jahren waren auch die Virunga-Berggorillas von der Wilderei betroffen. In vielen Regionen sind die Tiere der zentralafrikanischen Wälder eine wichtige Nahrungsquelle für die Bevölkerung, weil der Eiweißbedarf der Bevölkerung in vielen ländlichen Regionen nicht durch die Nutztierhaltung gedeckt werden kann. Doch die Jagd nach Buschfleisch ist in der Demokratischen Republik Kongo durch die vielen Krisen und die hohe Nachfrage schon lange nicht mehr nachhaltig. Dabei wird auch in Schutzgebieten gewildert. Obwohl Gorillas traditionell nur sehr selten zum Verzehr gejagt wurden und ebenso wie alle anderen Menschenaffen unter Schutz stehen, sind in den letzten Jahrzehnten Tausende Östliche Flachlandgorillas durch die Buschfleischwilderei ums Leben gekommen.
Zu ihrem Nachteil sind Gorillas mit Schusswaffen relativ leicht zu erbeuten und bringen vergleichsweise viel Fleisch. Illegaler Waffenbesitz ist in der Demokratischen Republik Kongo weit verbreitet. Buschfleischjäger, die bisher auf traditionelle Weise jagten, haben nun durch die Jagd mit Schusswaffen eine deutlich höhere Ausbeute. Außerdem verfangen sich Gorillas in den Fallen und Schlingen der Wilderer, die eigentlich für andere Tiere ausgelegt werden. Sollte es den Gorillas gelingen, sich aus solch einer Falle oder Schlinge zu befreien, drohen ihnen tödliche Infektionen oder zurückbleibende körperliche Behinderungen wie eine abgetrennte Hand oder ein fehlender Fuß. Allein im Zeitraum zwischen 1971 und 1998 gab es bei drei Gorillagruppen im Vulkan-Nationalpark in Ruanda 50 Fälle, bei denen sich Gorillas mit Schlingen verletzt hatten, vier davon mit fatalen Folgen. Im Kahuzi-Biega-Nationalpark in der Demokratischen Republik Kongo gibt es einige Östliche Flachlandgorillas mit einer durch eine Schlinge abgetrennten Hand.
Der Buschfleischhandel ist jedoch nicht der einzige Grund für die illegale Jagd auf Gorillas. Ihre Körperteile werden außerdem aufbereitet und als Souvenirs verkauft, beispielsweise ihre Hände als Aschenbecher oder ihre Köpfe als Wandtrophäen. Obwohl auch der Lebendtierhandel verboten ist, gibt es in einigen Regionen zudem einen Schwarzmarkt für lebende Gorillas ebenso wie für andere Menschenaffen, die illegal als exotische Haustiere verkauft werden oder in der Unterhaltungsindustrie wie private Zoos, Zirkusse und Freizeitparks landen. Vor allem Jungtiere sind Touristenattraktionen und beliebte Accessoires bei Fotosessions. Einer Studie der Organisation GRASP aus dem Jahr 2015 zur Folge sind im Zeitraum zwischen 2005 und 2011 über 1.800 für den Handel gefangene Menschenaffen, darunter 98 Gorillas, gefunden worden. Das ist aber nur die Spitze des Eisbergs. Experten gehen davon aus, dass tatsächlich mehr als 22.000 Menschenaffen in diesem Zeitraum in Afrika und Asien und durchschnittlich 420 Gorillas pro Jahr gefangen wurden. Dabei existiert ein komplexes länder- und kontinentübergreifendes Netz aus Wilderen, Schmugglern und Händlern. Im Zeitraum zwischen 2007 und 2012 sind beispielsweise zehn Gorillas mit gefälschten Papieren von Guinea, wo sie nicht heimisch sind, nach China exportiert worden.
Der Menschenaffenhandel ist ein lukratives Geschäft. Im Jahr 2002 erwarb zum Beispiel ein Zoo in Malaysia Gorillas für 400.000 USD pro Tier. Dabei sind bei den Östlichen Gorillas vor allem die „kuscheligen“ Berggorillas beliebt. In der Region der Virunga-Vulkane gab es in den 1970er Jahren zahlreiche und seitdem einzelne Fälle von gefangenen Berggorillajungtieren. Bei Gorillas führt die Entnahme einzelner Individuen in vielen Fällen zu weiteren Todesfällen in der Gruppe und letztlich zur Schwächung der Population. Wenn Jungtiere gefangen werden sollen, beschützen ihre Eltern diese mit ihrem eigenen Leben. Wenn ein Silberrücken zu Tode kommt, löst sich häufig die Gruppe auf und alle abhängigen Jungtiere werden wahrscheinlich Opfer von Infantizid.
Es wird vermutet, dass der Lebensraumverlust im Verbreitungsgebiet der Östlichen Flachlandgorillas im Vergleich zu denen der anderen Gorillaunterarten am stärksten ist. Schätzungen zur Folge haben sie bereits 87 Prozent ihres historischen Lebensraumes verloren. Dabei gilt die extensive Umwandlung von Lebensraum in landwirtschaftlich genutzte Flächen als Hauptursache. Dazu kommt die Gewinnung natürlicher Rohstoffe, insbesondere der zum Teil auch illegale Abbau von Bodenschätzen, Holzeinschlag sowie die Produktion von Holzkohle. In der Folge wird das Verbreitungsgebiet der Östlichen Gorillas mehr und mehr fragmentiert und die Teilpopulationen verinseln zunehmend. Dadurch nimmt auch der genetische Austausch ab. Aufgrund der aktuellen Krisenlage gibt es derzeit keinen industriellen Holzeinschlag. Dies könnte sich aber ändern, sobald sich die Situation in der Demokratischen Republik stabilisiert hat. Wenn Gorillas gelegentlich von den Feldern und Plantagen der Bauern in der Nähe ihrer Streifgebiete fressen, töten diese sie häufig aus Rache für ihre Ernteausfälle.
Eine weitere Gefahr für die Bestände der Gorillas stellen Krankheitsepidemien dar. Gorillas können genau wie andere Menschenaffen zum einen an natürlichen Erregern wie Ebolafieber erkranken und sich zum anderen mit vom Menschen übertragenen Krankheiten wie Atemwegsinfekten und Darmerkrankungen anstecken, die bei Menschen harmlos verlaufen, für Gorillas jedoch tödlich sein können. Wie Wissenschaftler vermuten, hat das Ebolafieber in den letzten Jahren in Zentralafrika vielen Menschenaffen das Leben gekostet. Obwohl bei Östlichen Gorillas bisher noch keine Fälle von Ebolaausbrüchen bekannt sind, stellen sie eine potentielle Bedrohung dar. Durch die Präsenz von Menschen, darunter Wildhüter, Forscher, Touristen, Arbeiter, Jäger und Anwohner kommen die Gorillas immer wieder mit Erregern in Kontakt, gegen die sie keine Immunität besitzen. Deshalb gibt es in den meisten Schutzgebieten strenge Regeln zum Schutz der Gesundheit der Wildtiere.
In der Region des Zentralafrikanischen Grabens sind außerdem in Zukunft für die Östlichen Gorillas mit negativen Auswirkungen durch die Folgen des Klimawandels zu rechnen. Es wird angenommen, dass die Lebensraumqualität und die Nahrungsverfügbarkeit durch steigende Temperaturen und Veränderungen der Niederschlagsmuster abnehmen werden.
Der Gorillaschutz ist seit Jahrzehnten ein großes Thema für den WWF. Gorillas gehören ebenso wie Schimpansen, Bonobos, Orang-Utans, Eisbären, Nashörner, Elefanten, Große Pandas und weitere Arten zu den Flaggschiffarten des World Wide Fund for Nature. Der WWF ist weltweit in zahlreichen Projekten zum Schutz und zur Erforschung bedrohter Arten aktiv und hat bereits viel erreicht.