Die größten Bedrohungen für Afrikanische Waldelefanten sind heutzutage die Wilderei und der Lebensraumverlust. Die Stoßzähne der Elefanten werden schon seit Jahrtausenden kunstvoll verarbeitet. Elfenbein hat eine vergleichsweise weiche Konsistenz, ist mit einem Messer leicht ritzbar und ein beliebter Rohstoff für Schnitzereien, Schmuck, Einlegearbeiten sowie luxuriöse Gebrauchsgegenstände. Schon vor einigen Jahrhunderten war Elfenbein so begehrt und teuer, dass es auch das „weiße Gold“ der Elefanten genannt wurde. Dabei gilt das Elfenbein der Waldelefanten aufgrund seiner größeren Kompaktheit als das wertvollere Elfenbein.
Im Altertum war das Ausmaß des Elfenbeinhandels zunächst durch die rudimentären Jagdmethoden und Handelsstrukturen begrenzt. Aber die Erschließung des afrikanischen Kontinents, transatlantische Handelsbeziehungen und die Jagd mit Feuerwaffen eröffneten in der Kolonialzeit eine neue Dimension des Elfenbeinhandels. Dieser war eng mit dem Sklavenhandel verbunden. In Europa und Amerika wurden jährlich tonnenweise Elfenbein zu Besteckgriffen, Klaviaturen, Billardkugeln und vielem mehr verarbeitet. Der Haupthandelsplatz war Europa.
In der Zwischenzeit verlagerten sich die Haupthandelsplätze für Elfenbein nach Ostasien. In der Folge erreichte die Jagd nach Elfenbein in den 1970er Jahren einen erneuten Höhepunkt. Allein zwischen 1979 und 1989 wurden die Bestände von damals von noch rund 1,3 Millionen Tiere auf weniger als die Hälfte dezimiert. Innerhalb von nur zehn Jahren verlor der Kontinent Schätzungen zufolge 700.000 bis 800.000 seiner Elefanten.
Um den internationalen Elfenbeinhandel zu kontrollieren und die Restbestände der Elefanten zu schützen, wurden die Asiatischen Elefanten 1975 im Washingtoner Artenschutzübereinkommen CITES im Anhang I gelistet und die Afrikanischen Elefanten 1977 im Anhang II. Dadurch war der internationale Handel mit Asiatischen Elefanten und Teilen von ihnen verboten und der mit Afrikanischen Elefanten und Teilen von ihnen streng reguliert. Zwischen 1970 und 1989 starben trotzdem etwa 700.000 Afrikanische Elefanten für ihr Elfenbein und die Bestände gingen in vielen Teilen stark zurück oder verschwanden sogar vollständig. Im Zeitraum zwischen den Jahren 1979 und 1988 stammte rund ein Drittel des weltweit gehandelten Elfenbeins aus Zentralafrika. Dabei ist nicht bekannt wie groß die Anteile von Elfenbein von Wald- und Savannenelefanten waren. Diese Entwicklung führte dazu, dass die Afrikanischen Elefanten 1989 im Washingtoner Artenschutzübereinkommen CITES in den Anhang I aufgenommen wurden. Ein internationaler Handel mit Afrikanischen Elefanten und Teilen von ihnen war somit auch vollständig verboten.
In den darauffolgenden Jahren konnten sich einige Elefantenbestände vor allem im südlichen Afrika gut erholen. So wurden im Jahr 1997 die Regularien gelockert und die Populationen von Botswana, Namibia und Simbabwe wieder in den Anhang II des Washingtoner Artenschutzübereinkommen CITES aufgenommen. Im Jahr 2000 folgte die Population von Südafrika. Auch wenn dies den internationalen Handel wieder in einem engen Rahmen erlaubt, bleibt der internationale Handel mit ihrem Elfenbein verboten. In den Jahren 1999 und 2008 wurden diesen drei beziehungsweise vier Ländern im Rahmen der CITES-Konvention insgesamt zwei Verkäufe von Elfenbeinlagerbeständen gestattet. Beim ersten Verkauf erwarb Japan 1999 rund 50 Tonnen Elfenbein. Im Jahr 2008 ersteigerten Händler aus China und Japan eine Menge von etwa 101 Tonnen Elfenbein. Die Afrikanischen Waldelefanten waren von diesen Einmalverkäufen allerdings nicht betroffen. Für sie gelten seit 1989 ohne Ausnahme die Bestimmungen des Anhanges I.
Seit dem Jahr 2007 befindet sich Afrika erneut in einer Wildereikrise, die sich bis heute weiter zuspitzt. Dabei wirkt die anhaltende große Nachfrage aus Fernost als die treibende Kraft. Über die Jahre hat sich eine hoch professionelle Wildtiermafia mit einem komplexen Netzwerk aus Wilderern, Schmugglern und Händlern etabliert. Die Wilderer sind teilweise schwer bewaffnet und militärisch ausgebildet. Derzeit werden afrikaweit rund 20.000 Elefanten pro Jahr, also durchschnittlich ein Elefant pro halber Stunde, gewildert. Dabei ist heute vor allem Zentralafrika häufiger Tatort der Elefantenwilderei. Untersuchungen im Rahmen des Programms MIKE zur Überwachung illegaler Elefantentötungen zeigen, dass der Gesamtbestand der Afrikanischen Waldelefanten derzeit ca. zehn bis 18 Prozent jährlich abnimmt. Diese Rate macht die Afrikanischen Waldelefanten zu einem der am stärksten bedrohten Tiere Afrikas. Afrikanische Waldelefanten vermehren sich einer aktuellen Studie zur Folge langsamer als Savannenelefanten. Um den Bestandsverlust von 62 Prozent im Zeitraum zwischen 2002 und 2011 wieder auszugleichen, würden sie allein etwa 81 Jahre Zeit benötigen.
Afrikanische Waldelefanten sind aus mehreren Gründen ganz besonders gefährdet Opfer von Wilderei zu werden. Ihr Elfenbein ist besonders begehrt. Die Wilderer profitieren bei ihren Raubzügen von der Deckung der dichten Regenwälder. In den meisten Verbreitungsländern der Afrikanischen Waldelefanten ist die politische Lage zudem instabil und die Strafverfolgung mangelhaft. Dadurch dass die Elefantenbestände in weiten Teilen des südlichen und östlichen Afrikas immer besser geschützt werden und der illegale Elfenbeinhandel dort zunehmend erfolgreich kontrolliert wird, ist das Risiko für Wilderer in den Regenwälder Zentralafrikas vergleichsweise geringer. Regionale Wildereischwerpunkte zeigen, dass sich die Wildtiermafia ständig neu orientiert.
Wie das Elfenbein dann genau von Afrika nach Asien gelangt, ist nicht vollständig bekannt. Aufgriffe lassen vermuten, dass sich die Hauptschmuggelrouten regelmäßig ändern. Oftmals wird das Elfenbein zunächst über innerafrikanische Transitländer geschmuggelt, bevor es den Weg nach Asien antritt. Die großen Ladungen Elfenbein werden typischerweise per Schiff geschmuggelt. Auf jeden Fall zeigen Sicherstellungen, dass das illegale Elfenbein teilweise gut getarnt wird. Stoßzähne und Elfenbeinschnitzereien werden zum Beispiel in ausgehöhlten Baumstämmen oder in einer Charge Maiskörner versteckt, in Ton eingetöpfert, schwarz eingefärbt und als Ebenholzschnitzereien deklariert und vieles mehr. Im Zeitraum zwischen 2007 und 2014 wurden von den zuständigen Behörden insgesamt mehr als 270 Tonnen Elfenbein beschlagnahmt. Ziel der Schmuggelware sind vor allem die Schwarzmärkte in China. Doch während die Händler richtig große Profite machen, erhalten die Wilderer in Afrika nur einen Bruchteil der Gewinne.
Schlupflöcher für den Handel mit Elfenbein bieten einige nationale Binnenmärkte. Die Handelsregulation beziehungsweise der Handelsbann durch das Washingtoner Artenschutzübereinkommen CITES gilt nur für den internationalen Handel.
Der nationale Elfenbeinhandel ist hingegen in einigen Ländern noch erlaubt. Diese oft unkontrollierten nationalen Binnenmärkte laden dazu ein, illegales Elfenbein „reinzuwaschen“. China, als Land mit der größten Elfenbeinnachfrage weltweit, ging daher 2018 einen wichtigen Schritt und Verbot den bislang legalen Handel innerhalb seiner Landesgrenzen. Seitdem ist die Nachfrage in China merklich zurückgegangen, aber ein hartnäckiger Kern einiger Elfenbeininteressierten bleibt, die trotz des Wissens um die Illegalität, Interesse am Kauf haben – und dies auch tun.
Neben der Wilderei leiden Elefanten ebenso wie viele andere Wildtiere unter dem Verlust, der Degradierung und der Zerschneidung ihres natürlichen Lebensraumes. Weite Teile des Verbreitungsgebietes der Elefanten verfügen über wertvolle Rohstoffe, wie Holz, Bodenschätze und Erdöl. Bisher ist vor allem der selektive Holzeinschlag verantwortlich für Störungen und Eingriffe in die Naturräume im Verbreitungsgebiet der Afrikanischen Waldelefanten. Zuvor abgelegene Regionen werden infrastrukturell erschlossen und der Lebensraum von einem Netz aus Transportwegen zerschnitten. Insgesamt sind im Zeitraum zwischen 2002 und 2011 schon rund 30 Prozent des Lebensraumes verloren gegangen.
Aber die Wilderer haben es nicht nur auf Elfenbein abgesehen, sondern auch auf das sogenannte Buschfleisch. Afrikanische Waldelefanten werden ebenso wie sämtliche andere Tiere der zentralafrikanischen Wälder gejagt, verkauft und verspeist. Dabei sind die Elefanten eine Verlockung für die Wilderer, da an ihnen mehr Fleisch dran ist als an den meisten anderen potenziellen Beutetieren. Die Kommerzialisierung des Buschfleischhandels hat mittlerweile zur totalen Übernutzung der Wildtierbestände geführt. Sogar vor Schutzgebieten machen die Wilderer keinen Halt. Die Buschfleischproblematik wird durch den Rohstoffgewinn in den Regenwäldern verstärkt. Zum einen ernähren sich die Arbeiter, die sich vor Ort ansiedeln, gerne von Buschfleisch und zum anderen erleichtern die Transportwege, die dafür geschaffen werden, den Jägern den Zugang und den Abtransport des Fleisches. Der Ausbau von Ökotourismus als alternative Einkommensquelle ist im Verbreitungsgebiet der Afrikanischen Waldelefanten bisher nur in geringem Ausmaß entwickelt.
Der Elefantenschutz ist seit Jahrzehnten ein großes Thema für den WWF. Elefanten gehören ebenso wie Eisbären, Nashörner, Tiger, Menschenaffen, Große Pandas und weitere Arten zu den Flaggschiffarten des World Wide Fund for Nature. Der WWF ist weltweit in zahlreichen Projekten zum Schutz und zur Erforschung bedrohter Arten aktiv und hat bereits viel erreicht.